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木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一種低特異性蛋白水解酶，廣泛地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內(nèi)，其中在未成熟的乳汁中含量最豐富。木瓜蛋白酶是一種蛋白水解酶，分子量為23406，由一種單肽鏈組成，含有212個氨基酸殘基。至少有三個氨基酸殘基存在于酶的活性中心部位，他們分別是Cys25、His159和Asp158，當(dāng)Cys25被氧化劑氧化或與金屬離子結(jié)合時，酶的活力被抑制，而還原劑半胱氨酸（或亞硫酸鹽）或EDTA能恢復(fù)酶的活力 。另外六個半胱氨酸殘基形成了三對二硫鍵,且都不在活性部位。
純木瓜蛋白酶制品可含有：
（1）木瓜蛋白酶，分子量21000，約占可溶性蛋白質(zhì)的10%；
（2）木瓜凝乳蛋白酶，分子量26000，約占可溶性蛋白質(zhì)的45%；
（3）溶菌酶，分子量25000，約占可溶性蛋白質(zhì)的20%；及纖維素酶等不同的酶。